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Slurm任务调度系统部署和测试(源码)(1)
阅读量:7008 次
发布时间:2019-06-28

本文共 5220 字,大约阅读时间需要 17 分钟。

1. 概述

slurm任务调度系统,主要应用在HPC集群资源管理和任务调度。具体信息参见slurm官方网站:

部署Slurm任务调度系统,需要部署NTP内网时间同步服务器,LDAP全局认证服务器,Mysql数据库服务器
本篇博客主要记录如何部署和使用slurm任务调度系统。

1.1 节点信息

节点主机名 操作系统 主机地址 主机角色
node11 centos6.5_x86_64 192.168.10.11 主控制器
node12 centos6.5_x86_64 192.168.10.12 备控制器
node13 centos6.5_x86_64 192.168.10.13 数据存储主控制器
node14 centos6.5_x86_64 192.168.10.14 数据存储备控制器
node15 centos6.5_x86_64 192.168.10.15 MySQL数据库服务器

2. 节点准备

本篇博客的节点,均有已经部署好NTP和LDAP服务客户端的node11克隆,减少部署过程的繁琐。

KVM克隆虚拟机,参见博客《KVM虚拟机管理——虚拟机克隆.md》
博客园地址:
根据博客内容指导,很容易克隆出其他几台虚拟机,提供slurm任务调度环境部署和测试。

3. 部署NTP服务器

笔记内链:《NTP服务部署和测试.md》

博客园地址:
NTP时间服务器部署完成之后,需要同步各个节点的时间。

注:对于节点的NTP同步,可以采用pdsh并行工具完成

pdsh并行工具安装和使用,参见笔记内链:《并行管理工具——pdsh.md》
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4. 部署LDAP服务器

笔记内链:《LDAP-openldap服务部署和测试(YUM安装).md》

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5. 部署Munge认证服务

笔记内链:《MUNGE服务部署和测试.md》

博客园地址:

6. 部署Mysql数据库服务

本篇博客在node15上安装MySQL数据库

笔记内链:《MySQL数据库服务器(YUM)安装.md》
博客园:

7. 部署slurm

7.1 创建slurm用户

需要创建slurmadmin全局用户,用于运行slucrmctld和slurmdbd;

slurmd因为负责节点的状态,因此需要root权限,不需要创建;
同样在LDAP中创建slurmadmin用户
参见博客:《LDAP-openldap服务部署和测试(YUM安装).md》
博客园地址:

7.2 挂载全局文件系统

在前面的博客中提到,把虚拟机console的/usr/local,作为全局共享目录,通过NFS文件系统实现共享。

在虚拟机console上,需要启动NFS共享。编辑/etc/exports,内容如下图所示:
执行命令:exportfs -r,使得配置的内容生效,通过"exportfs"查看配置是否生效
执行命令:pdsh -a "yum -y install nfs-utils rpcbind",安装挂载NFS需要的软件包
执行命令:pdsh -a "service rpcbind start",开启rpcbind服务,否则挂载会报错
执行命令:pdsh -a "mount -t nfs 192.168.10.8:/usr/local /usr/local",对节点进行NFS文件系统挂载
执行命令:pdsh -a "df -h | grep -w local",对挂载情况进行检查

7.3 slurm下载

从slurm官方网站下载最新版本slurm,下载地址为:

本篇博客主要部署两个版本

  • slurm-16.05.3.tar.gz 该版本已经被官网废弃,本篇博客因为工作需要继续使用
  • slurm-17.11.7.tar.bz2 截至博客更新时的最新版本

7.4 编译安装

因为规划在node15上部署了MySQL数据库(虚拟机console并未部署MySQL),而在编译slurm时,需要使用到mysql_config,因此需要在node15上进行编译

将slurm-16.05.3.tar.gz拷贝至node15,然后解压,编译,安装

  1. 解压
    执行命令:tar -zxvf slurm-16.05.3.tar.gz -C /tmp
  2. YUM安装依赖环境
    执行命令:yum -y install libgnomeui-devel readline-devel curl-devel
  3. 进入目录,配置configure
    执行以下命令:
    ./configure \--prefix=/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3 \--sysconfdir=/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc \--localstatedir=/var  \--enable-pam \--enable-memory-leak-debug \--enable-front-end --enable-salloc-kill-cmd \--enable-simulator \--enable-multiple-slurmd \--with-pam_dir=/lib64 \--with-zlib \--with-rrdtool \--with-mysql_config=/usr/lib64/mysql/ \--with-munge=/usr/local/globle/softs/munge/0.5.12/ \--with-ssl \--with-libcurl
    注:上述部分--with选项,实际并没有编译。通过查看config.log的WARNING可以确认是否安装。mysql_config指定的是mysql_config的路径,而非文件
  4. 编译安装
    执行命令make进行编译,执行命令make install进行安装
  5. 创建配置文件目录
    上述过程完成后,可以在/usr/local/globle/softs/slurm下查看已经安装的目录,但是此时该目录下并没有etc,log,state等目录,因此需要手动创建
    执行命令:mkdir etc log state
    修改目录属性:chmod 777 log
  6. 拷贝配置文件模板
    在源码目录下的etc目录中,存放着配置文件的模板文件
    执行命令:cp slurm.conf.example cgroup.conf.example slurmdbd.conf.example /usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/

8. slurm配置

详细的配置文件参数详解,参见官方提供的文档:

8.1 配置slurm.conf

编辑slurm集群主配置文件:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/slurm.conf

笔记内链:《》
博客园地址:

8.2 配置slurmdbd.conf

编辑slurm集群数据库主配置文件:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/slurmdbd.conf

笔记内链:《slurmdbd.conf系统初始配置.md》
博客园地址:

8.3 配置cgroup.conf

编辑slurm集群cgroup机制配置文件:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/etc/cgroup.conf

笔记内链:《cgroup.conf系统初始配置.md》
博客园地址:

8.4 配置数据库和测试

本篇博客前面部分已经在虚拟机node15上创建了MySQL数据库。

8.4.1 node15创建数据库并授权

在node15上,执行:mysql -uroot -p,输入密码进入数据库系统

创建数据库:create database slurm_acct_db;
授权node13访问:grant all privileges on slurm_acct_db.* to 'slurmadmin'@'192.168.80.13' identified by 'liwanliang';
授权node14访问:grant all privileges on slurm_acct_db.* to 'slurmadmin'@'192.168.80.14' identified by 'liwanliang';
刷新授权表:flush privileges;

8.4.2 测试连接

在node13和node14节点,分别进行MySQL数据库的连接。这要求node13和node14必须安装了mysql软件包。

在node13和node14上,分别执行:rpm - qa |grep mysql查看是否安装mysql软件包。若未安装,执行:yum -y install mysql安装
在node14和node14上,分别执行:mysql -h 192.168.80.15 -uslurmadmin -p,输入密码进行数据库连接测试。
进入数据库之后,执行:show databases;查看是否存在slurm_acct_db数据库,验证数据库授权是否正确。

9. slurm启动

9.1 启动数据库存储服务slurmdbd

可以采用slurmdbd -vvvvDDDD,进行调试启动,查看是否启动过程中有无错误。若无错误,可以以绝对路径的方式启动进程。

slurmdbd存在主备节点,node13作为slurmdbd主节点。若配置文件中未配置slurmdbd的备份节点,则在node14上无法启动slurmdbd。
如需启动,需要修改配置文件。
注:在线使用过程中,如果修改了slurmdbd.conf配置,可以通过sacctmgr reconfig重新加载配置文件。前提是配置文件不能够出现错误,否则会造成当前在线的服务over

9.2 注册集群信息

在启动控制器slurmctld之前,需要将slurm.conf中配置的slurm集群名称添加到数据库中。

否则会在启动slurmctld时,提示未注册集群。
执行命令:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/bin/sacctmgr add cluster myslurm,根据提示输入y即可在slurmdbd中,注册集群名称
验证。执行命令:/usr/local/globle/softs/slurm/16.05.3/bin/sacctmgr show cluster,即可查看当前注册的slurm集群信息。

9.3 启动控制器slurmctld

在节点node11上,执行命令:slurmctld -vvvvDDDD,进行调试启动,查看启动过程中是否存在错误,若无错误,则可以后台启动。

在节点node12上,执行同样的命令,即可启动slurmctld的备份控制器。具体使用和测试,参见《Slurm任务调度系统部署和测试(源码)(2).md》。
注:在线使用过程中,如果修改了slurmctld.conf配置,可以通过scontrol reconfig重新加载配置文件。前提是配置文件不能够出现错误,否则会造成当前在线的服务over

10. 错误及解决

10.1 未安装编译器

如下图提示,执行命令:yum -y install gcc gcc-c++ automake autoconf

10.2 未发现PAM库路径

如下图提示,执行命令:find / -name libpam.so*,可确认系统中是否存在pam库,并且能够确认路径,然后在configure配置的--with-pam_dir=/lib64

10.3 启动slurmdbd日志报错

在交互式调式结束后,结束slurmdbd进程。然后直接启动时,从slurmdbd的日志报错如下图所示:

10.4 节点状态DOWN

在完全配置成功之后,节点启动了slurmd,但是通过sinfo看到的节点状态始终为down。同步了节点时间,关闭节点防火墙和selinux均为解决问题。

最后通过查阅官方的FAQ,详细的FAQ地址:。最后把slurm.conf中的ReturnToService=0改为ReturnToService=2解决

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转载于:https://www.cnblogs.com/liwanliangblog/p/9194244.html

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